防腐劑在防腐木涼亭的防腐機理上的主要表現在兩個方面：機械隔離防腐和毒性防腐。機械隔離防腐，如裝飾涂料，將木材暴露的表面保護起來，阻止木材與外界環境因素直接接觸，以防止微生物的侵蝕。這種方法是以油漆作為木材防腐劑，但其防腐效能很有限，達不到應有的防腐效能。毒性防腐是靠防腐劑的毒性抑制微生物的生長，或微生物吸收防腐劑而被毒死。現行防腐木涼亭使用的防腐劑多是以毒殺作用來達到防腐目的，因此，人們愈來愈注意到防腐劑與人類生存和生態環境的關系，高效無毒、一劑多效的化學藥劑和生物防治將是今后的發展方向。