防腐木花架由于它的高毒效，即使很小量的溶解亦足以殺死真菌。防腐木工程此外，敗壞木材的生物體液或分泌物(例如真菌向周圍木材分泌的酵素)的酸度或堿度也有重要影響。在理論上，某種防腐木防腐劑在水中镕解度很低，但在微政或微堿的體液中則足夠溶解而產生毒性。等實驗指出，一種防腐劑不溶于真菌體液市或木進入真菌體內，但僅使真菌所分泌的用來溶解木材的酵素變性或失效亦能有效地抵抗真菌。

防腐木花架內部的變色茵不會對防腐木木材細胞壁組織造成危害，但在適宜的條件下，有些變色菌苗絲也會镕蝕木材細胞壁，造成纖維素、多縮戊核和熱水抽出物含量的降低。由于木村細胞壁中的纖維素、半纖維素含量的降低而木質素以及樹脂物質很少遭受破訊所以木質素和樹脂的相對含量稍有增加。